**Problèmes coloniaux / racialistes** : Le nom « Niger-Congo » reflète une vision externalisée, géographique, souvent utilisée dans les classifications de colons et d'Européens sans tenir compte des perspectives des locuteurs eux-mêmes.
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Greenberg, comme ses prédécesseurs (Westermann, Meinhof), travaillait à partir de matériaux collectés par des missionnaires, explorateurs et linguistes européens, parfois en biais colonial. Le concept est parfois critiqué comme un artefact colonial / typologique : certaines classifications reposaient sur des critères non génétiques (formes morphologiques imposées, critères géographiques ou raciaux) plutôt que des preuves de parenté. Par exemple, Greenberg lui-même a combiné des typologies morphologiques (comme les systèmes de classes nominales) avec des données lexicales et phonologiques pour construire le groupe, utilisant une méthode dite de "mass comparison" (comparaison de masse) partiellement critiquée pour son manque de rigueur dans les correspondances phonétiques précises. Avant Greenberg, des classifications comme « Sudanic Occidental » ou « Western Sudanic » (Westermann, début XXᵉ siècle) s'inscrivent dans le contexte de la linguistique coloniale, où l'on regroupe linguistiquement des peuples selon des critères parfois mêlés à des présupposés raciaux. Plusieurs linguistes coloniaux utilisaient le terme « nègre » ou « nigrid » pour désigner ces langues de manière essentialiste. **Critiques modernes par des auteurs locaux / africanistes** : Certains linguistes africains contestent l'unité génétique de tous les sous-groupes inclus (par exemple, le statut des langues Kordofaniennes ou de Dogon, Mande, Ijoid) estimant que les preuves comparatives ne sont pas toujours suffisantes. Des linguistes contemporains soulignent que plusieurs groupes classés comme Niger-Congo (Kordofanien, Mande, Ijoid, Dogon) manquent de preuves solides d'appartenance, ou pourraient être des phylums séparés. La littérature (par exemple dans *Oxford Handbook* sous Good 2020) souligne que la validité généalogique de *Niger-Congo* (c'est-à-dire l'unité génétique de tous ses prétendus sous-groupes) n'est **pas totalement prouvée**. Glottolog et certains linguistes modernes (Dimmendaal et al. 2008, Good 2020) remettent en cause l'inclusion de certaines branches comme Mande, Kordofanien, Dogon, arguant qu'elles pourraient ne pas appartenir au noyau Atlantic-Congo. **Études génétiques modernes** : Une étude genome-wide (Busby et al. 2016) montre que les locuteurs de langues *Niger-Congo* partagent une certaine affinité d'ancêtres avec des groupes d'Afrique de l'Ouest et centrale, mais aussi que l'aire linguistique ne coïncide pas toujours avec la structure génétique : il existe des homonymies, admixtures et discordances géographiques. Variation chromosomique Y montre que les locuteurs du Niger-Congo partagent des haplogroupes (notamment E1b1a) qui suggèrent une expansion démographique depuis l'ouest de l'Afrique il y a environ 10 000 ans. Une étude récente sur 48 groupes d'Afrique sub-saharienne montre que les locuteurs du Niger-Congo forment un cline génétique coïncidant largement avec les frontières linguistiques, ce qui soutient le lien entre langue et gènes pour ce groupe. Sarah Tishkoff et al. (2009) indiquent que les populations de l'Afrique de l'Ouest associées aux langues Niger-Kordofanian partagent des composantes génétiques. Études génétiques modernes montrent des migrations, flux de populations et brassages en Afrique subsaharienne (ex. expansion Bantu) : cela renforce l'idée que les langues partagent souvent des traits par contact autant que par ascendance. Par exemple, Rebecca Grollemund et al. (2016) sur la "genetic unity" du Niger-Congo discutent ce qui est reconstruit vs ce qui reste hypothétique.
