Le mot circule en Europe bien avant qu'une étymologie locale lui soit proposée : en 1799, James Rennell, lisant Pline et Ptolémée, tient pour acquis que les Anciens connaissaient sous ce nom un fleuve distinct du Sénégal et de la Gambie, juge le terme romain et le traduit « fleuve des populations noires ». Que ce fleuve des Anciens soit celui d'aujourd'hui n'est pas établi. Les ouvrages de référence modernes écartent le latin et rattachent le nom au touareg egerew n-igerewen, « la rivière des rivières », employé autour de Tombouctou ; l'auteur touareg Yusuf ag Herrel rapporte cette lecture à Jean-Léon l'Africain, mais l'original arabe que cette explication suppose ne subsiste pas — le texte transmis est l'italien de 1526 imprimé par Ramusio en 1550 — et aucun travail identifié n'en porte la première formulation.
Les langues riveraines, elles, ne nomment pas ainsi le fleuve, et ce qu'elles nomment n'est pas toujours un cours d'eau. Mungo Park, qui atteint le fleuve à Ségou en juillet 1796, note dans son récit publié en 1799 qu'on l'appelle Joliba, « la grande eau », en pays mandingue. Samuel Johnson écrit en 1921 que le fleuve est consacré à Ọya, épouse divinisée de Ṣàngó, et que le pays yoruba l'appelle pour cette raison Ọpo Ọya : l'extérieur décrit un fleuve, la lecture locale nomme une divinité. Le vocabulaire kanuri de Sigismund Koelle laisse voir en 1854 la forme Koara. Rennell rapporte encore les noms qu'en donnent Arabes et Maures, Neel Abeed et Neel Kebeer, et, lisant al-Idrisi, une forme Guin ou Fin. Pour le songhay, le zarma, le haoussa, le peul et l'igbo, aucune source portant le nom que ces langues donnent au fleuve n'a été trouvée.
Le nom est d'abord celui du fleuve, porté par les géographes et les cartographes européens bien avant la colonisation, puis donné au territoire par l'administration française lors de la création de la colonie du Niger, et conservé à l'indépendance de 1960. Qui l'a formé le premier reste discuté : un terme romain selon Rennell en 1799, une expression touarègue selon les ouvrages de référence modernes, sans auteur identifié. Aucune de ces attributions n'est établie, et aucune langue riveraine n'appelle le fleuve Niger.
