Système politique traditionnel
Tombouctou a historiquement été gouvernée par un système mixte : gouverneurs nommés par l'Empire songhaï, puis par les Arma après 1591, puis par les Touaregs et les Peuls avant la colonisation française. La ville était organisée autour de ses trois grandes mosquées-universités (Sankore, Djinguereber, Sidi Yahia) dont les oulémas exerçaient une autorité morale et intellectuelle considérable. Les guildes marchandes (avec des familles comme les Kati et les Aqit) constituaient un pouvoir économique parallèle. Aujourd'hui, la ville relève de l'administration malienne (région de Tombouctou, cercle de Tombouctou).
Organisation clanique
Société patrilinéaire avec plusieurs couches sociales historiques : familles nobles d'oulémas et de marchands (Kati, Aqit, Baghayogho, Wangara), familles Arma (descendants des soldats marocains), artisans spécialisés héréditaires (forgerons, tisserands, cordonniers), et anciens esclaves. Les Arma ont maintenu pendant des siècles des guildes de soldats spécialisés à Tombouctou. Les grandes familles d'oulémas ont constitué une aristocratie intellectuelle islamique transmettant leur savoir de génération en génération.
Rôle des lignages
Les lignages patrilinéaires déterminent le statut social, les droits sur les propriétés et les boutiques commerciales, et l'appartenance aux guildes professionnelles. Les familles d'oulémas possèdent des milliers de manuscrits islamiques transmis comme héritage familial (les fonds manuscrits de Tombouctou, dont l'Institut Ahmed Baba). Les alliances matrimoniales entre familles d'oulémas, de marchands et d'Arma ont façonné la société de Tombouctou pendant des siècles.
Autorité religieuse
Tombouctou a été l'un des grands centres islamiques d'Afrique subsaharienne depuis le 12e siècle. Les oulémas des trois universités (Sankore, Djinguereber, Sidi Yahia) étaient les autorités intellectuelles et morales suprêmes. Ahmad Baba al-Massufi (1556-1627), natif de Tombouctou, était l'un des savants islamiques les plus érudits de son temps. Aujourd'hui, les imams et les marabouts maintiennent cette tradition islamique, coexistant avec des pratiques syncrétiques liées aux esprits du fleuve (holey) et au culte des saints.